পেপটাইড বিশুদ্ধতা বিশ্লেষণ সাধারণত উচ্চ-পারফরম্যান্স লিকুইড ক্রোমাটোগ্রাফি (HPLC) ব্যবহার করে সম্পাদিত হয়। ভর স্পেকট্রোমেট্রি বিশ্লেষণের প্রাথমিক উদ্দেশ্য হল আণবিক ওজন নিশ্চিত করা; বর্তমানে, পেপটাইড বিশ্লেষণের জন্য নিযুক্ত প্রধান কৌশলগুলি হল ইলেক্ট্রোস্প্রে আয়নাইজেশন মাস স্পেকট্রোমেট্রি (ESI-MS) এবং ম্যাট্রিক্স-অ্যাসিস্টেড লেজার ডিসোর্পশন/আয়নাইজেশন মাস স্পেকট্রোমেট্রি (MALDI-MS)।
অ্যামিনো অ্যাসিড রচনা বিশ্লেষণ একটি পেপটাইডে উপস্থিত অ্যামিনো অ্যাসিডের প্রকার এবং পরিমাণ প্রকাশ করে, যখন অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম বিশ্লেষণের মৌলিক নীতি হল এডম্যান অবক্ষয়।
পেপটাইড সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার শনাক্ত করার পদ্ধতির মধ্যে রয়েছে সার্কুলার ডাইক্রোইজম (সিডি), নিউক্লিয়ার ম্যাগনেটিক রেজোন্যান্স (এনএমআর), এক্স-রে ডিফ্র্যাকশন ইত্যাদি।
কঠিন-ফেজ সংশ্লেষণ প্রক্রিয়া চলাকালীন, বিভিন্ন অমেধ্য-যেমন মুছে ফেলার ক্রম, সন্নিবেশ ক্রম, ভুল-সংযোজিত পেপটাইড, এপিমারাইজড পেপটাইড এবং অক্সিডাইজড পেপটাইড-উত্পন্ন হতে পারে৷ এই ধরনের পেপটাইড-সম্পর্কিত অমেধ্য সনাক্তকরণ সাধারণত লিকুইড ক্রোমাটোগ্রাফি-টেন্ডেম মাস স্পেকট্রোমেট্রি (এলসি/এমএস/এমএস) ব্যবহার করে সম্পন্ন করা হয়; LC-MS একটি পেপটাইডের ভরের সঠিক নির্ণয় করতে সক্ষম করে, যখন MS/MS এর ক্রম ব্যাখ্যা করতে ব্যবহৃত হয়। উপরন্তু, HPLC ক্রোমাটোগ্রাফিক কৌশলগুলি কার্যকর বিচ্ছেদ এবং সনাক্তকরণ অর্জনের জন্য নিযুক্ত করা যেতে পারে।
কঠিন-ফেজ পেপটাইড সংশ্লেষণে, রজনে বিনামূল্যে অ্যামিনো গ্রুপের উপস্থিতি শনাক্ত করে সংযোগের কার্যকারিতা প্রাথমিকভাবে মূল্যায়ন করা হয়; এই সনাক্তকরণ পদ্ধতিটি কায়সার পরীক্ষা (বা নিনহাইড্রিন পরীক্ষা) নামে পরিচিত। যদি বিনামূল্যে অ্যামিনো গ্রুপ উপস্থিত থাকে, একটি নীল বা লালচে-বাদামী রঙের বিকাশ হয়।